Trong 1 lần trên chuyến xe buýt, Sakura thấy một vài người đang bị thiêu sống bởi 1 ngọn lửa xanh và 1 học sinh trạc tuổi cô đang đứng trước mặt họ. Khi quay lại địa điểm đó vào ngày hôm sau, Sakura không tìm thấy xác người hay bất cứ dẫu vết gì của 1 vụ thảm sát, dù chỉ là 1 vệt cháy nhỏ. Thật bất ngờ khi đến lớp, có 1 học sinh mới chuyển đến và trông cậu ta giống y đúc như tên sát nhân cô đã gặp ngày hôm qua. Dần dần, Sakura biết được anh ta là 1 Code:Breaker, 1 tổ chức gồm những người có khả năng đặc biệt phục vụ chính phủ.